Sách Đại Việt sử ký toàn thư có nhận xét về Lý Thái Tông:

Lý Thái Tông là vị hoàng đế giỏi thời Nhà Lý. Hơn 30 năm chinh chiến và trị quốc, ông đã củng cố nền cai trị của Nhà Lý, chống lại những nguy cơ chia cắt, bạo loạn, xâm lấn, thu phục lòng dân, khiến cho nước Đại Cồ Việt trở nên vững mạnh.

Khi Lý Thái Tổ sắp mất, Nhà Lý đứng trước nguy cơ trượt theo vết xe đổ của các triều đại nhà Ngô, Nhà Đinh, Nhà Tiền Lê, chỉ truyền được 1 đời thì gặp phải đại loạn và dẫn đến việc bị thoán đoạt. Uy tín của ông và tài năng, sự dũng cảm của Khai Quốc vương, tướng Lê Phụng Hiểu đã khiến cho tình hình nhanh chóng được ổn định trở lại.

Nhiều lần dùng binh từ nam chí bắc nhưng Lý Thái Tông tỏ ra là vị hoàng đế bao dung, nhân hậu. Các nhà sử học cho rằng Lý Thái Tông cũng như nhiều hoàng đế Nhà Lý khác có lượng khoan hồng vì ảnh hưởng của quốc giáo là đạo Phật. Trừ người em Vũ Đức vương làm loạn bị giết, với những vương tôn phản loạn khác ông đều tha tội. Trong cuộc phản loạn của các vương tôn, nhờ người em thứ hai của Thái Tông là Khai Quốc vương đem quân giải vây cho Thăng Long và Trường Yên (kinh đô Hoa Lư) giúp ông chống lại quân nổi loạn và chính Khai Quốc vương vận động quần thần tôn ông lên ngôi. Nùng Trí Cao nhiều lần làm phản nhưng ông vẫn đối đãi khá rộng lượng. Vì vậy nhà sử học Ngô Sĩ Liên theo quan điểm Nho giáo chê ông "mê hoặc theo thuyết từ ái của đạo Phật mà tha tội cho bề tôi phản nghịch".[9]

Tuy nhiên, theo tác giả Lê Văn Siêu trong sách Việt Nam văn minh sử, việc ông hậu đãi Nùng Trí Cao là một thâm ý kiểu "thất cầm Mạnh Hoạch" của Gia Cát Lượng khiến Trí Cao kính phục và cảm kích. Sau này, dù Trí Cao còn ý định xưng hùng, nổi loạn cũng sang Trung Quốc gây họa cho Tống (và kêu gọi cả vua Thái Tông cùng xé đế quốc Tống) chứ không còn gây họa cho Đại Cồ Việt[10].